15 Mayıs 1989 tarihinde İstanbul’un Fatih ilçesinde doğan Gökhan Aydaş, futbola 11 yaşında 2000’de Gaziosmanpaşa’da başladı. 5 sene bu takımda forma giydikten sonra Beşiktaş’a transfer oldu. 2005-2006 sezonunda Beşiktaş A2 formasını giymeye başladı. 2006’da Jean Tigana’nın Fransa kampına götürdüğü genç isimlerden biri oldu. Aydaş, özellikle 2007-2008 sezonunda A2’nin değişilmez isimlerinden oldu. 2008-2009 sezonu öncesi Beşiktaş’la profesyonel sözleşme imzalayan Aydaş, sezonu TFF 2. Lig ekiplerinden Akçaabat Sebatspor’da kiralık olarak geçirdi. 2009-2010 sezonunda ise 3. Lig ekiplerinden Torbalıspor’da kiralık forma giydi. 2010-2011 sezonunda da Beşiktaş kadrosunda düşünülmeyen Aydaş, 2. Lig ekiplerinden Bugsaşspor’da kiralık oynadı. 2011-2012 sezonunda bonservisi ile Kahramanmaraşspor’a gitti. Karşıyaka ve Yeni Diyarbekirspor macerasından sonra 2015-2016 sezonunda İstanbulspor’umuza transfer oldu. 2’si ilk on bir 7 maçta görev aldıktan sonra devre arasında Denizli B.Belediyespor’a geçti.
Daha sonra Tepecikspor, Payaşspor, 1461 Trabzon, Nevşehir Belediyespor, Elaziz Belediyespor, Karaçoban FK, 52 Orduspor, Altındağspor, kulüplerinin formalarını giydi. 2021-2022 sezonunda ise Bergama Belediyespor’da oynamaya devam ediyor.
Gökhan Aydaş, 2006-2008 arasında 11 kez millî takımlara çağrıldı. 8 Ağustos 2006’da Rusya ile oynanan hazırlık maçında ilk kez U-18 forması giydi. 2 gün sonra ise Rusya ile oynanan ikinci hazırlık maçında 41. dakikada oyuna giren Aydaş, 2 gol kaydetti. Bu goller dışına Lüksemburg’a da yedeklerden oyuna girip bir gol attı. 2007’de Valentin Granatkin Turnuvası’na giden kadroda yer aldı. Türkiye’nin ikinci olduğu turnuvada Aydaş, 5 maçta da yedeklerden oyuna dahil oldu. Mayıs 2008’de ise Rusya ile oynanan iki hazırlık maçında forma giyip, ilk ve son kez U-19 formasını giymiş oldu.