8 Temmuz 1987 günü Almanya’da doğan Mirkan Aydın, kariyerine VfL Winz-Baak’nun altyapısında başladı ve burada birkaç sene oynadıktan sonra Alman futbolunun köklü takımlarından SG Wattenscheid 09’un altyapısına geçti. 2004 senesinde TSG Sprockhövel’in 19 yaş futbol takımına (U19) geçip, 2005 senesinde henüz amatör statüde olmasına rağmen aynı ekibin profesyonel takımında görev aldı.
Burada iki sene oynadıktan sonra VfL Bochum’un ikinci takımı olan VfL Bochum II’da oynama başladı. VfL Bochum II’de üç sene oynadıktan sonra, 2009-2010 sezonunun 5. haftasında VfL Bochum profesyonel takımı için Bundesliga’da TSG 1899 Hoffenheim karşı oynanan lig maçında görev aldı ve kısa bir süre sonra sözleşme imzalayarak profesyonelliğe geçiş yaptı. 2014 yılına kadar 77 maça çıkıp 20 gol atan Mirkan, 2014-2015 transfer döneminde Eskişehirspor ile mukavele imzaladı. 2015-2016 sezonu Göztepe SK ile sözleşme imzalayan Aydın, 2016 Mart ayında kulübüyle olan sözleşmesini karşılıklı olarak feshetti ve İsveç 2. lig ekiplerinden Dalkurd FF ile sözleşme imzaladı. 2016-2017 sezonu kış transfer ayında Almanya’nın Preußen Münster kulübüne geçti.
2017-2018 sezonunda tekrar Türkiye’ye dönerek Altınordu ile sözleşme imzaladı. 2018-2019 sezonunun başında Suudi Arabistan’ın Ohod Al-Medina kulübü ile anlaşmasına rağmen sözleşmesini feshederek 2 ay sonra Hatayspor ile anlaştı. Hatayspor’un süper lige çıkmasında rol oynadı.2020-2021 sezonunun kış transferinde İstanbulspor’umuza transfer oldu. Yarım sezon sarı siyahlı formayı giydi. 16 maç oynayıp 3 gol katkısı verdi.
Sezon sonunda Ankraspor’a geçti ve halen bu kulüp adına mücadele etmekte.
Mirkan Aydın’a sağlıklı ve mutlu bir yaşam dileriz.